Протест прокуратуры, в котором изложено, в чем именно Устав города противоречит федеральному законодательству, был направлен в городской Совет еще в сентябре 2003 года. Как следует из протеста, Устав города не соответствует целому ряду федеральных законов. В частности, пункт 2 статьи 20 Устава предусматривает способы закрепления за муниципальным предприятием муниципального имущества. Устав разрешает в случае, если имущество превышает размер уставного фонда, его передачу в бессрочное пользование, аренду. В то же время закон «О государственных и муниципальных предприятиях» предусматривает: имущество унитарного предприятия может принадлежать ему на праве хозяйственного ведения или на праве оперативного управления.
Не соответствуют Бюджетному кодексу РФ определения, данные в Уставе таким понятиям, как бюджет, бюджетный процесс. Кроме того, Уставом установлено, что органы городского самоуправления вправе привлекать для целей контроля за исполнением бюджета независимых аудиторов. Но БК РФ определено, что для этих целей должны создаваться органы муниципального финансового контроля.
Целый ряд замечаний, высказанных прокуратурой, касается организации выборов, деятельности депутатов, работы избирательных комиссий и сроков их полномочий. В целом набор требований прокуратуры достаточно обширный. Депутаты приняли к рассмотрению протест прокуратуры. Однако до сих пор изменения в Устав не внесены. Вопрос о внесении изменений и дополнений в Устав города Омска выносился на рассмотрение депутатов неоднократно.
7 апреля он тоже стоял в повестке дня, но потом был благополучно снят с рассмотрения. Несмотря на то, что неудовлетворение протеста прокуратуры стало причиной обращения блюстителей закона в суд. В исковом заявлении прокуратура требует признать Устав города частично недействующим. Если до заседания суда депутаты не внесут изменения в Устав, который является основным нормативным актом, регулирующим организацию местного самоуправления, то те его нормы, которые не соответствуют федеральному законодательству, применять будет нельзя.