По мнению ООО «Запсибхлебопродукт», подавшего иск в суд, обязательство государства вернуть НДС возникло в результате зачета взаимных требований с ООО «ТК „Запсибхлебопродукт“ на сумму 59,4 млн руб. В частности, истец принял на себя обязательство контрагента вернуть некоему ООО „Зерно-траст“ 20 млн руб., полученных ТД по договору займа. И вернул. Однако, когда налоговая инспекция подняла документы, в графе „назначение платежа“ было указано „Без НДС“(!).
Аналогичная ситуация обнаружилась по обязательству поставить зерно ООО „Зерновая компания “Кронос» на 6,3 млн руб. и оборудование ЗАО «Нива» на 4,6 млн руб. То и другое было исполнено. Однако руководство (или бухгалтеры) ООО «Запсибхлебопродукт» забыло один маленький нюанс: счет-фактуру выставляет продавец товара, а покупатель, оплачивая его, перечисляет стоимость товара вместе с НДС. Следовательно, истец не уплачивал НДС, а, наоборот, получал его.