Различные нарушения трудового законодательства прокуратура находила в ЗАО «Омскстроймост-Мостоотряд-63» и раньше. В октябре 2007 года за неоднократное неисполнение обязательств по своевременной выплате зарплаты был привлечен к административной ответственности сын Бориса КОШУКОВА — Борис Борисович. Постановлением мирового судьи КОШУКОВ-младший (на тот момент он исполнял обязанности генерального директора) был дисквалифицирован сроком на один год.
Но повторная проверка, проведенная прокуратурой Кировского округа в марте этого года, показала, что проблемы с выплатой зарплаты решаются вяло. На ЗАО «Омскстроймост-Мостоотряд-63» был наложен штраф. Штрафом был наказан и руководитель предприятия — КОШУКОВ-старший. Причем, как сообщила пресс-служба областной прокуратуры, в случае повторного нарушения трудового законодательства в отношении КОШУКОВА-старшего может быть возбуждено дело об административном правонарушении по части 2 ст. 5.27 КоАП РФ, санкция которой предусматривает дисквалификацию руководителя сроком до 3 лет.
Впрочем Борис КОШУКОВ пережил и более серьезные неприятности. В октябре 2006 года прокуратура Омской области возбуждала в отношении гендиректора ЗАО «Омскстроймост — Мостоотряд-63» уголовное дело. Тогда КОШУКОВ-старший и арбитражный управляющий Владимир БЕЛКИН попали в поле зрения правоохранительных органов в связи с процессом банкротства ОАО «Омскстроймост», ликвидированного по решению арбитражного суда в феврале 2004 года. Правоохранители заподозрили, что бывшим директором ОАО «Омскстроймост» Борисом КОШУКОВЫМ и конкурсным управляющим предприятия Владимиром БЕЛКИНЫМ была искусственно создана кредиторская задолженность с целью уклонения от уплаты налогов через процедуру банкротства.
Поводом для проверки и возбуждения уголовного дела, по сведениям «КВ», было заявление, поступившее в июне 2006 года в УБЭП УВД Омской области от пенсионера Валерия ЧЕРНЯКОВА, который неожиданно узнал, что некоторое время являлся учредителем и директором некоего ООО «Нанахим», которому ЗАО «Омскстроймост» задолжало 70 млн рублей и вернуло эти деньги в ходе процедуры банкротства. ЧЕРНЯКОВ уверял, что никаких денег он не видел, ООО «Нанахим» было зарегистрировано по его утерянному паспорту, а все подписи на финансовых документах ООО «Нанахим» не его.
Уголовное дело до суда не дошло, но в процессе расследования выявились и другие интересные факты. С заявлением о банкротстве ОАО «Омскстроймост» — генерального подрядчика метромоста — обратилось в 2002 году в арбитражный суд ЗАО «Юридическая фирма „Магнус“, которое оказывало предприятию юридические услуги. В итоге за долг в 300 тысяч рублей банкротом было признано предприятие, у которого на тот момент только стоимость имущества по бухгалтерскому балансу превышала 121 млн рублей. Была и вполне ликвидная дебиторская задолженность МУ „Дирекция строящегося метрополитена“ на сумму больше чем 100 млн рублей.
Согласно отчету конкурсного управляющего Владимира БЕЛКИНА, конкурсная масса в 150 млн рублей была реализована на 100% и на 90% взыскана дебиторская задолженность. Вот только у предприятия оказалось столько первоочередных кредиторов, что более 300 акционеров, включая государство, остались ни с чем. Бюджеты всех уровней недополучили 42 млн рублей, Фонд социального страхования недосчитался 5,3 млн рублей, зато практически все ликвидное имущество ОАО „Омскстроймост“ выкупило у банкрота ЗАО „Омскстроймост — Мостоотряд-63“, которое возглавлял Борис КОШУКОВ. 21 июня 2004 года, спустя несколько месяцев после официальной ликвидации ОАО „Омскстроймост“, ему было присвоено звание „Почетный гражданин города Омска“.