За 2016 год у завода уменьшились выручка и прибыль.
В октябре 2016 года АО «Газпромнефть-Омский НПЗ» взяло взаймы у ПАО «Газпром нефть» 12,68 млрд руб. на три года. Такой вывод можно сделать из только что обнародованной Омским нефтезаводом годовой бухгалтерской отчетности за 2016 год. При этом за 2016 год в строке "основные средства" на 7,3 млрд руб. прибавилось машин и оборудования, а на 5,2 млрд – сооружений и передаточных устройств (переработка). Возможно, в основном, это — оборудование для модернизации завода.
При этом в прошедшем году «Газпром нефть», как единственный учредитель ОНПЗ, получило 2,77 млрд руб. дивидендов за 2015 год. В ноябре 2017-го завод должен вернуть ОАО «РОСНАНО» взятые три года назад взаймы 380 млн руб.
Выручка АО «Газпромнефть-ОНПЗ» за 2016 год составила 42,66 млрд руб, что меньше, чем в 2015 году – 43,89 млрд руб. Соотвественно, чистая прибыль тоже оказалась меньшей: 9,43 млрд руб. против 11,1 млрд руб. Впрочем, в итоге налог на прибыль омского нефтезавода упал за год не столь существенно: 2,95 млрд руб. против 3,17 млрд годом ранее.
На 31 декабря 2016 года в АО «Газпромнефть-ОНПЗ» работало 2 852 человека.